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A história do jogo se desenrola em seis eras diferentes, as quais, veremos à seguir:
1.000 DC: A era onde a aventura começa, é aqui que a história dá seus primeiros passos. Crono, Lucca e a princesa Nadia(Marle) vivem nesta época. Aqui também há uma vila chamada Medina, e é onde moram os místicos deste tempo.
Mapa de 1.000 DC
65.000.000 AC: A idade pré-histórica onde os macacos e os Répteis estão lutando. Kino e Ayla vivem aqui, e é nesta Era que Lavos chega como um meteoro á Terra. Mas isto ocorre mais á frente.
Mapa de 65.000.000 AC
12.000 AC: A idade escura, onde se localiza o grande Reino de Zeal. A princesa Schala vive aqui, juntamente com o seu irmão Janus, o mesmo que você teve de combater a um tempo atrás. Você lembra quem?
Aqui também, é onde começa a ser usada a Magia, mas são poucos os que a possuem, somente os Iluminados.
Mapa de 12.000 AC
600 DC: A Era do meio, onde passa grande parte da história. Também é aqui em que o grande reino de Guardia está. Eles estão, em guerra com os Místicos, liderado pelo seu grande chefe Magus.
Nesta era também vive o bravo sapo Frog, que por sua vez se tornará uns dos seus mais fortes escudeiros.
Mapa de 600 DC
1999 DC: O apocalipse. É a era do despertar de Lavos, e o começo do fim da humanidade.
Mapa de 1999 DC
2300 DC: O Futuro. Este é um mundo que foi arruinado depois do apocalipse. Sobraram apenas alguns mortos-de-fome, e os mesmos, estão sendo mortos pelo Cérebro Mãe, a controladora do local.
Robô vive aqui.
Mapa de 2300 DC